Chez des adultes suspects d’infection du système nerveux central, une technique génétique a repéré des virus passés sous les radars des tests classiques.
En bref
- 40 échantillons analysés après tests négatifs
- Des virus détectés chez 6 patients
- Une aide au diagnostic, pas une preuve
On connaît le problème en neurologie infectieuse, les symptômes sont là, la suspicion clinique aussi, et pourtant les tests reviennent négatifs. C’est précisément dans cette zone grise qu’une équipe pilotée par l’Institut de santé Carlos III a voulu voir si une autre approche pouvait aider.
Quand le liquide céphalo-rachidien ne livre pas son secret
Les infections virales du système nerveux central peuvent provoquer une méningite, une encéphalite, une myélite ou d’autres atteintes neurologiques. Mais dans une part non négligeable des cas, le virus en cause n’est pas identifié avec les méthodes habituelles.
D’après l’ISCIII, plusieurs raisons peuvent l’expliquer, un très grand nombre de virus possibles, une charge virale trop faible dans l’échantillon, ou des panels diagnostiques qui ne couvrent pas tous les agents potentiels. Résultat, on a parfois une suspicion solide, sans nom précis à mettre sur l’infection.
Une méthode qui balaie des milliers de pistes à la fois
L’équipe du Centre national de microbiologie, avec les hôpitaux universitaires Puerta de Hierro de Majadahonda à Madrid et Reina Sofía à Cordoue, ainsi que d’autres groupes nationaux et internationaux, a utilisé un séquençage métagénomique viral enrichi par capture avec sondes. En gros, cette méthode permet de rechercher en même temps des milliers de virus connus directement dans les prélèvements cliniques.
Les chercheurs l’ont appliquée à 40 échantillons de liquide céphalo-rachidien prélevés chez des adultes pour lesquels une infection du système nerveux central était suspectée, alors que les examens précédents n’avaient rien trouvé. Les résultats ont été publiés dans le Journal of General Virology.
Six signaux viraux, mais pas six causes prouvées
Sur ces 40 échantillons, des séquences virales ont été retrouvées chez six patients. Trois concernaient un pegivirus humain, un autre le virus Toscana, un autre encore le virus de l’herpès simplex de type 1, et le dernier le virus varicelle-zona.
Point important, tous ces résultats ont été confirmés par des techniques moléculaires spécifiques. Dans plusieurs cas, les équipes ont même pu reconstituer des génomes viraux complets ou presque complets, ce qui aide à étudier leur diversité génétique.
Mais María Dolores Fernández-García insiste sur une nuance essentielle. Elle rappelle, dans une formule très juste, que « trouver un virus ne signifie pas nécessairement qu’il est la cause de la maladie ». Pour le pegivirus humain, relativement fréquent et capable de persister dans l’organisme, sa présence dans le liquide céphalo-rachidien constitue surtout une piste de recherche, pas une démonstration de causalité.
Ce que ces résultats changent pour le diagnostic
Certains cas ont quand même une portée très concrète. La détection du virus Toscana chez une patiente atteinte de méningite suggère qu’il faudrait le rechercher dans des méningites inexpliquées survenant l’été, période d’activité maximale des phlébotomes, ces insectes proches des moustiques qui le transmettent.
Et pour les deux patients chez qui un herpèsvirus a finalement été identifié après un premier panel négatif, le message est clair, des tests moléculaires complémentaires peuvent avoir un vrai intérêt quand la suspicion clinique persiste. Cette recherche s’inscrit dans la thèse doctorale d’Ana Donoso, dirigée au CNM-ISCIII par María Dolores Fernández-García, également liée au CIBERESP du CIBER-ISCIII. Pour les patients, ça ne change pas tout. Mais ça peut éviter de rester sans piste.
